Czwarty model należący do Serii 3 był oznaczony symbolem E46. Jego debiut rynkowy przypadł na rok 1998 roku. Pod względem stylistycznym samochód znów przeszedł spore zmiany - sylwetka zyskała znacznie bardziej opływowe kształty. W 2001 roku E46 został poddany face-liftingowi. E46 Coupe i Cabrio zostały poddane face-liftingowi w 2002 roku. Przez wszystkie lata produkcji model był wybierany do pierwszej dziesiątki najlepszych samochodów wg magazynu „Car and Driver”. W 2007 roku auto zostało wycofane z produkcji.